台灣航業公司重視營運透明度及公司治理，依法制定公司治理架構， 致力於提升管理績效，保障投資人及其他利害關係人權益。
台灣航業公司成立功能性委員會「薪酬委員會」及「審計委員會」，重視資訊揭露， 落實誠信經營， 除了在證交所公開資訊觀測站上公告各項財務資訊、 財務報表、年報、重大訊息之外，在本公司網站中，也能查詢到相關資訊，以供國內外投資人參考。
公司治理專職人員為 陳建州副總經理